În fruntea statului între 1993 (anul divizării paşnice a Cehoslovaciei) şi 1998, acest fost bancher ales de Parlament a fost un critic sever al lui Vladimir Meciar, primul şef al guvernului de la Bratislava, ale cărui tendinţe autoritare au izolat ţara în arena internaţională.

Conflictul în cauză a fost reamintit de actualul preşedinte, Andrej Kiska, în mesajul său pe Facebook ca reacţie la decesul predecesorului său.

„Michal Kovac a fost preşedinte într-o perioadă dificilă (...), atunci când a avut loc o confruntare nemiloasă şi brutală având ca miză natura şi viitorul Republicii Slovace pe harta Europei şi a lumii", a scris Andrej Kiska. "Este regretabil (...) că nu a putut trăi destul timp pentru a vedea tribunalul judecând răpirea fiului său", a adăugat preşedintele.

Răpirea lui Michal Kovac junior a fost atribuită premierului Vladimir Meciar de către presa naţională şi străină. Mass-media a văzut o tentativă de a-l intimida pe şeful statului.

Tânărul a fost răpit în Austria în 1995. Încătuşat, cu ochii legaţi, el a fost forţat să bea o sticlă de whisky şi supus unor şocuri electrice, înainte de a fi abandonat în maşina sa. Ulterior, Vladimir Meciar a blocat ancheta asupra acestei afaceri, atribuită de un tribunal austriac "autorităţilor slovace".

În 1996, Michal Kovac a refuzat să semneze o lege „împotriva subminării ordinii de stat" care ar fi redus libertatea de expresie.

„Ştiam bine că poziţia mea putea fi ameninţată, dar în acelaşi timp am crezut că democraţia era atacată, deci am încercat să îmi găsesc curajul de a risca respingerea", a declarat Michal Kovac în 1999, când a candidat, fără succes, pentru al doilea mandat.

În anii care au urmat, el a trăit retras din viaţa publică. Bolnav de Parkinson, Michal Kovac a fost internat în spital în mai multe rânduri în ultimele săptămâni.