MacFadyen a produs şi regizat mai mult de 50 de documentare începând cu anii ’70, investigând o serie de subiecte controversate, printre care se numără accidentele industriale, actele de violenţă neo-nazistă din Marea Britanie, istoria CIA, Watergate, traficul de arme din Irak, exploatarea copiilor şi legăturile lui Frank Sinatra cu crima organizată. Acestea au fost difuzate pe Channel 4, BBC, Panorama, ABC şi nu numai.

Centrul pentru Jurnalism de Investigaţie a fost fondat în aprilie 2003, ca organizaţie non-profit, cu scopul de a pregăti jurnalişti de investigaţie eminenţi. Activitatea sa din ultimii ani s-a concentrat, în special, pe încurajarea celor care vor să scoată la lumină nereguli din sistem. A fost şi cofondator al The Whistler, o organizată britanică menită să ofere sprijin legal, psihologic şi social pentru englezii suficient de curajoşi încât să vorbească despre incompetenţa şi infracţiunile din orice sector, fie el public sau privat.

Cauza morţii lui MacFadyen nu este cunoscută încă. Totuşi, CIJ a publicat reacţia soţiei sale, Susan Benn, care, dincolo de manifestarea respectului profund pe care aceasta i-l purta, menţiona că MacFadyen a murit din cauza unei boli.