Pe 26 iunie 1940, România a primit un ultimatum din partea Uniunii Sovietice, prin care se cerea evacuarea administraţiei civile şi a armatei române de pe teritoriul dintre Prut şi Nistru, cunoscut ca Basarabia, şi din partea nordică a regiunii Bucovina. În cazul în care retragerea nu s-ar fi făcut în termenul impus de patru zile, România era ameninţată cu războiul.

Din cauza presiunilor conjugate ruso-germane venite de la Moscova şi de la Berlin, administraţia şi armata română s-au retras pentru a evita războiul. Aceste evenimente s-au petrecut în context geopolitic mai larg, în care, prin pactul expansionist Ribbentrop-Molotov din 23 august 1939, Germania nazistă şi Uniunea Sovietică îşi împărţiseră, în mod imperialist, sferele de influenţă teritorială în Europa Răsăriteană, după care, tot în 1939, a început cel de-al Doilea Război Mondial, prin atacarea Poloniei de către Germania hitleristă, la 1 septembrie 1939. La 17 septembrie 1939 are loc Invazia sovietică a Poloniei.

La 26 iunie 1940, la ora 22:00, Comisarul poporului pentru afaceri externe al URSS, Viaceslav Molotov, i-a prezentat ministrului plenipotenţiar al României la Moscova, Gheorghe Davidescu, un ultimatum prin care i se cerea României „retrocedarea” Basarabiei până pe 28 iunie şi „transferul” părţii de nord a Bucovinei către Uniunea Sovietică. Reprezentantul României a fost invitat la sediul Comisariatului Afacerilor Străine, unde, fără nici o explicaţie, i-a fost înmânată nota ultimativă adresată României.

Ultimatumul mai adăuga: „Acum, când slăbiciunea militară a URSS a trecut în domeniul trecutului, iar situaţia internaţională care s-a creat cere rezolvarea rapidă a chestiunilor moştenite din trecut pentru a pune în fine bazele unei păci solide între ţări, URSS consideră necesar şi oportun ca în interesele restabilirii adevărului să păşească împreună cu România la rezolvarea imediată a chestiunii înapoierii Basarabiei Uniunii Sovietice.”

În cea mai mare parte a teritoriului ocupat, sovieticii au proclamat RSS Moldovenească, iar partea sudică a Basarabiei, Bugeacul, şi nordul Bucovinei au fost alipite la RSS Ucraineană. Odată cu proclamarea RSS Moldoveneşti, RSSA Moldovenească, republică autonomă „moldovenească” de la răsărit de Nistru, a fost împărţită între cele două republici sovieticevecine, Moldova sovietică şi Ucraina. Ocupaţia sovietică a fost întreruptă, pentru scurtă vreme, în 1941, după ce România alături de Germania a declanşat operaţiunile militare de eliberare a teritoriilor ocupate de URSS ca parte a Operaţiunii Barbarossa, dar teritoriile au fost în cele din urmă ocupate de sovietici în 1944.

După moartea lui Stalin din 1953 şi, în special, după anul 1956, persecuţia etnicilor români din Basarabia şi Bucovina de nord a scăzut treptat. Primele alegeri libere din RSS Moldovenească s-au desfăşurat în climatul general al perestroicii, în februarie 1990, iar controlul sovietic asupra acestei regiuni a încetat în august 1991, după tentativa de lovitură de stat de la Moscova şi disoluţia Uniunii Sovietice. În 1991, RSS Moldovenească a devenit noul stat independent Republica Moldova, în vreme ce Bucovina de Nord şi Bugeacul au rămas în componenţa Ucrainei.