Procurorul Anticorupţie care a reprezentat acuzarea în prima instanţă, Mihai Ivanov, a cerut o condamnare de şase ani de închisoare pentru Vladimir Molojen, care a fost cercetat pentru abuz de putere şi neglijenţă în serviciu soldată cu urmări grave. Tot pe banca acuzaţilor în acest dosar au apărut şi doi foşti subalterni ai lui Molojen, Anatolie Gumeniuc, învinuit de neglijenţă în serviciu soldată cu urmări grave, şi Valeriu Goncearov, învinuit de exces de putere, soldat cu urmări grave. Toţi trei s-au declarat nevinovaţi atât în prima instanţă, cât şi la Curtea de Apel. 

Precizăm că fostul ministru a fost învinuit de faptul că a încheiat, din numele Întreprinderii de Stat Registru, care este o structură a Ministerului Dezvoltării Informaţionale (acum - Ministerul Tehnologiei Informaţiei), contracte de publicitate cu firma fiului şi soţiei sale, „Altent-Com”. În total, statul ar fi fost prejudiciat cu peste 2 milioane de lei. Procurorii au argumentat că la încheierea acestor contracte Vladimir Molojen s-a condus de interesul personal şi a comis abuz în serviciu cu urmări grave, deoarece Întreprinderea „Registru” este monopolistă pe piaţa perfectării actelor de identitate şi altor tipuri de documente, de aceea nu avea nevoie de servicii de publicitate.

De cealaltă parte, Molojen şi colegii său au declarat că nu au făcut decât să respecte legea şi că sunt nevinovaţi. 
Inculpaţii au fost achitaţi de către preşedintele judecătoriei Buiucani, Dorin Dulghier, la 9 decembrie 2015. În hotărâre, Dulghier a scris că nu există parte vătămată care ar fi suferit de pe urma acţiunilor inculpaţilor. 

Dosarul Molojen a avut una dintre cele mai lungi durate de examinare în instanţă - în 2010 dosarul a fost intentat, iar la sfârşitul lui 2011 a fost trimis în instanţă. Peste 4 ani a fost pronunţată sentinţa de achitare a primei instanţe, iar peste încă un an - hotărârea Curţii de Apel.